在选择原子吸收光谱分析线时，还要考虑其他谱线的干扰，在分析线附近不得有其他非吸收分析线存在。
分析线的选择还受到背景吸收的限制。在200nm以下，大气、火焰气和光学元件相当明显地吸收来自光源的共振辐射，对于as、se、hg等，其共振吸收线位于远紫外区，背景吸收强烈，这个时就不宜选择这些元素的共振线为分析线，就可以考虑波长较长的次灵敏线。
即使灵敏线不受干扰，在实际工作中，也未必都要选用灵敏线，灵敏线往往用于测定痕量元素，在分析高浓度试样时，有时选取灵敏度较低的次灵敏线，以便得到适度的吸光值度，改善校正曲线的线性范围，减少不必要的稀释操作。