1、有严重胃病的患者。纳豆激酶中的嘌呤含量比较高，其具有促进胃液分泌的作用，而纳豆当中的膳食纤维也会对胃黏膜造成一些机械性的损伤。所以，那些患有消化性溃疡、急性胃炎以及慢性浅表性胃炎的患者是不宜食用纳豆激酶的。
2、有肾脏疾病的患者。纳豆中含有的非必需氨基酸比较高一些，而非必需氨基酸对于肾炎、肾功能衰竭以及肾脏透析患者是十分不利的，所以应该尽量不去食用。
3、痛风的患者。痛风这种疾病大多数情况下是因为嘌呤的代谢失常而导致的，而纳豆之中含有嘌呤较多，因此痛风的患者在日常生活中最好要尽量少吃纳豆。
4、有急性胰腺炎的患者。当急性胰腺炎发作的时候，患者是要严禁食用一切可以刺激胃液以及胰液分泌的食物的。而因为纳豆可以起到促进胃液分泌的作用，因此也是不适宜食用的。
5、伤口未愈合。纳豆激酶抗血液凝结力很强，如果给刚手术后或者伤口未愈合的患者食用的话，是十分容易造成伤口出血的，因此在伤口未愈合的情况下也要禁止食用纳豆激酶。